近日,为了克服这些限制并准确表征人类细胞甲基化特征,来自以色列希伯来耶路撒冷大学等单位的研究团队在Nature发表了题为“A DNA methylation atlas of normal human cell types”的文章。研究团队构建了39种不同细胞类型的深度甲基化图谱,并将整个基因组的甲基化模式合并为甲基化的CpG位点模块,使用这些模块来研究不同细胞类型甲基化模式的变化。同时,研究团队还识别描述了组织或细胞类型特异性的甲基化基因组区域,分析了其可能的生物学功能。总之,该甲基化图谱为研究基因调控、疾病相关遗传因素以及开发用于液体活检的组织特异性生物标志物提供了宝贵的数据资源。
综上所述,该研究报道了一个全面的初级人类细胞类型甲基化图谱,以及一套广泛的细胞类型特异性标记和计算工具,可用于混合细胞类型样本的片段级分析。研究结果显示,来自不同个体相同细胞类型的甲基化模式惊人地相似。就健康组织而言,个体之间的相似性反映了细胞分化和维持的稳健性;而涉及表观基因组不稳定的病理明显破坏了这些相似,导致来自特定正常细胞类型之间的甲基化模式更加多样化。总之,该研究阐明了DNA甲基化在细胞生物学和基因调控中的作用,并促进了每种细胞类型中活性增强子的鉴定。人类细胞类型甲基化的综合图谱为多条相关研究线以及应用提供了有价值的资源,例如敏感地识别患有癌症和其他疾病的个体血浆中cfDNA的起源组织。参考文献:1. Loyfer, N., Magenheim, J., Peretz, A. et al. A DNA methylation atlas of normal human cell types. Nature (2023).2. ENCODE Project Consortiumet al. Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes. Nature 583, 699–710 (2020).
3. Zhu, T. et al. A pan-tissue DNA methylation atlas enables in silico decomposition of human tissue methylomes at cell-type resolution. Nat. Methods 19, 296–306 (2022).